玻璃鋼脫硫塔進行脫硫時通常采用三種方法，即物理法、化學法和氧化法。
物理和化學方法存在硫化氫再處理問題，氧化法是以堿性溶液為吸收劑，并加入載氧體為催化劑，吸收硫化氫，并將其氧化成單質(zhì)硫，濕法氧化法是把脫硫劑溶解在水中，液體進入設(shè)備，與沼氣混合，沼氣中的硫化氫與液體產(chǎn)生氧化反應(yīng)，生成單質(zhì)硫吸收硫化氫的液體有氫氧化鈉、氫氧化鈣、碳酸鈉、硫酸亞鐵等。成熟的氧化脫硫法，脫硫效率可達99.5%以上。而在大型的脫硫塔工程中，一般采用先用濕法進行粗脫硫，之后再通過干法進行精脫硫。